摘要作为人类健康衰老典范的长寿老人（尤其是百岁老人），不但具有显著延长的寿命，而且还能延缓甚至规避一些重大老年性疾病的发生。揭示其健康衰老保护机制，将为延缓衰老、改善老年人健康提供新视角和新策略。 该研究分析了海南长寿家系171例样本外周血白细胞转录组数据。基于一系列生信分析及长寿家系样本血清Beclin1水平检测等结果，最终发现自噬-溶酶体信号通路基因表达上调为百岁老人最为显著的信号，且该信号同 ...

趋同进化，是指亲缘关系较远的两个或多个类群由于长期处于相似的生活环境，受到相似的选择压力的影响从而进化出相似的功能或表型特征。例如，鸟类与蝙蝠为了适应飞行进化出相似的翅膀，鲨鱼与鲸类为了适应水生生活进化出流线型体型。 趋同表型进化，为研究基因组如何编码表型以及量化进化的可重复性提供了独特的机会。解决这个问题通常会对具有共享相似表型的物种进行基因组测序，然后与不同表型的物种进行比较基因组学分 ...

最近看了几篇关于共线性分析的微信/简书推送，发现不少研究人员把“编码基因共线性”错误地描述为“全基因组共线性”。这是两个完全不同的概念，前者主要是基于蛋白水平，蛋白的保守性很高，即使分化较远的物种间也能找到同源基因片段；而后者则是基于DNA水平，其中包含了大量的非编码片段，变异程度即使是在近缘物种间也非常大。那么，接下来就好好聊一聊什么是共线性？为什么进行全基因组共线性分析？以及如何进行全基因组 ...

Hi PAML Users,Welcome to the PAML discussion group. This site is for posting questions and discussions of the PAML software package. PAML stands for Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood. ...

前几天，实验室的师弟师妹通过本地blast获取一些没有基因组注释物种的蛋白编码序列。原本以为可以快速地进行下一步的选择压力分析，没想到却在多序列比对这一环节出现了棘手的问题。以前，我都是经过PRANK软件进行多序列比对，然后再使用Gblocks软件对数据进行过滤的。现在，由于师弟师妹在拼接CDS序列时，有些碱基并不是保留3的倍数，造成很多编码序列出现移码突变，甚至变成了伪假基因（几百个基因）。虽 ...

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